A FATESA possui laboratórios em três unidades: FACULDADE FATESA, FATESAMED, FATESAVET.

Os laboratórios são padronizados pelas normas técnicas da ABNT e o estabelecido no Catálogo Nacional de Cursos de Tecnologia.

Esses laboratórios apresentam espaço físico adequado para o número de estudantes, boa acústica, iluminação e ventilação adequadas, climatizados, com mobiliário ergonômico. Os laboratórios contam com sistema de segurança e o uso destes espaços conta sempre com rigor da biossegurança de práticas em laboratório.

Os laboratórios são utilizados para atividades práticas e também nos horários livres para que os estudantes possam realizar seus estudos e pesquisas. Para tanto, cada laboratório possui para o seu gerenciamento uma equipe de pessoal técnico especializado e monitores.

Os laboratórios da FATESA funcionam para comunidade interna de segunda à sexta-feira das 8h às 22h30 e aos sábados das 8h às 12h.

O descritivo de componentes de cada um dos laboratórios encontra-se disponibilizado na relação de patrimônio da FATESA.

A Diretoria de Ensino, juntamente com a Coordenação dos Laboratórios e a Coordenação de curso, estruturaram o Regulamento Geral de Laboratórios contendo as normas e procedimentos de rotinas de trabalho, e também o Manual de Biossegurança da instituição para se evitar riscos, esclarecendo os princípios básicos de segurança, biossegurança e boas práticas laboratoriais, que são destinados aos funcionários, professores, acadêmicos e estagiários envolvidos nos cenários dos laboratórios. Cada ambiente possui sinalização e barreiras específicas, de acordo com os procedimentos operacionais padronizados.